1980年以后，有一个熟悉的身影就不再出现在公开场合，他的名字也从广播和报纸上消失，这个人就是纪登奎，因为他已经选择了主动辞职，当时他只有五十多岁，却在年富力强的时候激流勇退了。

纪登奎辞职以后，和家人搬出了原来的住所，搬到了一个偏僻的胡同小院，过着低调平静的赋闲生活。他平时很少外出，也不喜欢下棋、钓鱼之类的休闲活动，最大的兴趣爱好就是读书和思考，有时候在书房里一坐就是一整天，只有身体感觉实在疲倦了，他才会到院子里散散步。

晚年的纪登奎曾短暂复出，但并没有担任什么要职，而是应邀出任一个研究中心的研究员，这是一个有着务虚性质的岗位，也没有什么级别待遇，主要是研究农村的发展问题。但纪登奎对待这个工作依然很认真尽责，不仅多次到基层一线访贫问苦，还写了很多可操作性很强的调研报告，因为他希望为社会发展再做一点贡献。

纪登奎晚年一直保持着勤俭朴素的习惯，吃穿住行都没什么讲究，他最看不惯铺张浪费的现象，对待家人的要求也很严格，从不允许他们占公家的便宜。除此之外，他还有一个愿望，那就是写一部回忆录，总结自己的人生经历，给后世留下参考资料。

但令人遗憾的是，纪登奎的这个愿望并没能实现，他的回忆录只构思了一个大体的框架就戛然而止了，因为他于1989年突发疾病抢救无效离开了人世，甚至没来得及留下任何遗嘱，享年六十五岁。

纪登奎因病去世后，家人遵照了他生前的意愿，没有大操大办后事，而是一切从简，骨灰以树葬的方式回归大自然，以身作则为环保事业做最后的一份贡献。