垂直管理是指中央政府或上级政府部门、单位与其派出机构或分支机构是垂直领导关系，其机构设置、人员编制、财务、物资供应等均由上级政府部门直接管理，地方政府对设立在本行政区域内的这些机构、单位没有直接管理关系。

那么国务院部门垂直管理的机构有哪些呢？根据有关公开信息，国务院部门垂直管理的机构大致如下：

工业和信息化部垂直管理在31个省（自治区、直辖市）设立的通信管理局。

国家安全部垂直管理省级国家安全厅（局）和市县两级派出机构。

财政部垂直管理在30个省（自治区、直辖市）和5个计划单列市设立的监管局。

自然资源部垂直管理9个向地方派驻的国家自然资源督察机构、在3个海区设立的派出机构。

生态环境部垂直管理向地方派驻的6个督察局和6个核与辐射安全监督站。

交通运输部垂直管理在地方设立的航运管理局。

水利部垂直管理在地方设立的7个流域管理机构。

商务部垂直管理16个派驻地方的特派员办事处。

审计署垂直管理18个派驻地方的特派员办事处。

中国人民银行垂直管理上海总部、在31个省（自治区、直辖市）和5个计划单列市设立的分行、在各地（市）设立的中心支行。

国家税务总局垂直管理6个派驻地方的特派员办事处。

海关总署垂直管理广东分署、天津特派办、上海特派办、42个直属海关。

国家金融监督管理总局垂直管理在31个省（自治区、直辖市）和5个计划单列市设立的监管局，在各地（市）设立的监管分局。

中国证券监督管理委员会垂直管理在31个省（自治区、直辖市）和5个计划单列市设立的监管局以及上海、深圳监管专员办事处。

国家统计局垂直管理在31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团设立的调查总队。

国家能源局垂直管理6个区域监管局。

国家移民管理局垂直管理各出入境边防检查总站、遣返中心、常备力量总队。

国家林业和草原局垂直管理15个派驻地方和大兴安岭林业集团公司的森林监督专员办事处。

国家铁路局垂直管理派驻地方的7个铁路监督管理局和1个铁路监察室。

中国民用航空局垂直管理7个地区管理局。

国家外汇管理局垂直管理在各省级分局、地（市）级分局、若干个支局。

此外，新华社、中国科学院等国务院直属事业单位垂直管理在地方的派出机构、分支机构；国务院有关部门垂直管理在地方设立的有关事业单位。

需要说明的是，省级税务局、省级气象局、国家粮食和物资储备局在地方设立的26个监管机构、省级烟草专卖局、国家矿山安全监察局在地方设立的27个省级局、省级地震局实行由国务院相关部门与省级政府双重领导、以国务院相关部门为主的管理体制；省级及以下综合性消防救援队伍实行国家消防救援局与地方党委和政府条块结合、以条为主的双重管理体制。